Diagnozowanie chorób autoimmunologicznych opiera się na badaniach krwi, biopsjach tkanek dotkniętych stanami zapalnymi, trudno jednak jednoznacznie je określić. Można także przeprowadzić badanie tarczycy, wyściółki jelit, tkanek naskórka. Pewną diagnozę otrzymuje się dopiero w momencie, gdy choroba przechodzi w ciężki stan.
